某些配方奶粉也含有益生菌，這是一種「有益」的細菌。目前市面上還有另一種益生菌強化配方奶粉，這是一種仿天然母乳低聚糖的類型，可以促進腸道內膜健康。

另一種配方奶粉為水解蛋白配方，意味著其蛋白質已分解為更小更容易消化的蛋白質。對有高度過敏風險（例如家族病史）和沒有以純母乳哺育長達四到六個月的嬰兒來說，大量或部份餵養水解蛋白配方奶粉可以預防或延緩一些皮膚的症狀發生，例如濕疹或過敏性皮膚炎等。你可以請你的小兒科醫師推薦一些可以減少過敏反應的水解蛋白奶粉品牌，不過，這類的水解蛋白奶粉價格比一般奶粉昂貴，你的小兒科醫師也會告訴你，是否你的孩子需要這類型的奶粉。

低過敏性配方奶粉有助於90% 以上對某些食物過敏的嬰兒，這些食物過敏的症狀包括蕁麻疹、流鼻水和腸道問題。在這些狀況下，哺育母乳的嬰兒更是需要這類型的奶粉─特別是有重大的家族過敏病─低過敏性配方奶可以預防一些嬰兒食物過敏的症狀，特別是當寶寶以純母乳哺育六個月以上。

大豆配方乳：大豆配方乳所含的蛋白質與碳水化合物（多糖或蔗糖）和牛乳基配方乳不同，適合不能消化牛乳基配方乳中主要的碳水化合物「乳糖」的嬰兒，但目前已經有不含乳糖的牛乳基配方乳供應。許多嬰兒短時間內不能消化乳糖，特別是在腹瀉之後，這會損傷腸道黏膜上的消化酶，不過這往往只是暫時性的問題，不需要改變寶寶的飲食。嬰兒會有嚴重消化和吸收乳糖（雖然常發生在年齡較大的兒童或